Ngoài gặp khó khăn về vốn, Tập đoàn còn gặp khó khăn về công tác quản trị. Muốn tái cơ cấu thành công, đòi hỏi việc tái cơ cấu lại công tác quản trị phải được thực hiện tốt. Thực tế thời gian trước cho thấy, công tác quản trị chưa được làm tốt, các đơn vị thành viên còn tình trạng mạnh ai nấy làm. Có đơn vị việc không làm hết, có đơn vị lại không có việc làm. Có đơn vị mua sắm, dự trữ quá nhiều so với nhu cầu, để tồn kho thời gian kéo dài dẫn đến tồn đọng vốn. Đây là những việc sẽ được giải quyết triệt để, để tạo sức mạnh tổng hợp của tập đoàn. Dẫu đây là việc làm khó khăn, nhưng tập đoàn quyết tâm làm tốt. Để làm được việc này, Vinashin đang mạnh mẽ tái cơ cấu toàn diện. Trước tiên, là sự thay đổi của công ty mẹ. Sắp tới có một sự thay đổi đặc biệt là công ty mẹ sẽ có Ban Kế hoạch tổng hợp. Đây là điểm nhấn, sự khẳng định, mọi hoạt động trong tập đoàn sẽ theo kế hoạch. Việc mua sắm, sản xuất đều được điều tiết một cách hợp lý nhất, cân đối được công việc giữa các thành viên.